Os diversos processos relacionados com emissão e mitigação dos GEE são avaliados seguindo protocolos de pesquisa padronizados e previamente acordados, que contemplam o conjunto solo-planta-animal-atmosfera, para gerar o balanço de carbono dos sistemas melhorados, em comparação com a pastagem tradicional e a vegetação nativa.
São avaliados sistemas extensivos e intensivos de produção a pasto, de integração lavoura-pecuária, silvipastoril, agrossilvipastoril e confinamentos para produção de bovinos, bubalinos, caprinos, ovinos, suínos e aves e tratamento de dejetos animais.
As informações geradas são armazenadas de forma organizada, integrada e sistematizada, permitindo estudos de modelagem biofísica, de aspectos econômico-sociais e geoestatísticos, sendo possível a análise conjunta dos resultados e a prospecção de cenários futuros.
A rede é composta por várias unidades da Embrapa, universidades e outras instituições de pesquisa nacionais e internacionais, com apoio de agências de fomento à pesquisa e da iniciativa privada. Com caráter interinstitucional, formada por equipes multidisciplinares, a rede trabalha nos principais biomas brasileiros: Amazônia, Caatinga, Cerrado, Mata Atlântica, Pantanal, Pampa.
Os resultados do projeto PECUS devem atender a demanda atual de várias redes de pesquisa e dos Inventários de Emissão e Remoções Antrópicas de Gases de Efeito Estufa em diversas escalas de abordagem.